如果系统中同时存在 Jaz 磁碟机和其他 SCSI 硬盘，多数系统从 SCSI 编号最低的设备启动 Linux 系统。 Jaz 磁碟机的 SCSI 编号可从 0 到 6，一般磁碟机出厂时均设为 5。有些 BIOS 会跳过 Jaz 等这类可加卸的设备，不让 Jaz 启动系统。但如 BIOS 允许从 Jaz 启动，则可将 SCSI 主硬盘的 SCSI 编号改为 1，将 Jaz 的 SCSI 编号从 5 改为 0，然後启动系统。
通常一般系统是 Jaz 磁碟机与 IDE 硬盘并存。几乎所有 BIOS 都会从第一个 IDE 硬盘启动。 有些 BIOS 允许改变 BIOS 内的设定，使系统可从 SCSI 磁碟机启动。另一些 BIOS 可能要在 IDE 设备失去作用的情况下才允许 SCSI 设备启动。甚至有一些 BIOS 还要系统卸除 IDE 设备後才可使用 SCSI 设备启动。
虽然从 Jaz 磁片运行 Linux 远比从硬盘运行慢得多，但 Jaz 磁碟机是一个极好的 ERD （紧急维修磁片）。此外，能很快试用一种新 Linux 系统或在他人的电脑试用 Linux 系统也是一件好玩的事。
在 Jaz 磁片上安装 Linux 的最简单方法就是把 Jaz 磁碟机作为系统的唯一磁碟机安装 Linux 系统。 用这种方法安装 RedHat 5.2，完全成功。如果对更改 LILO 没有信心，那这是唯一的办法。
如果要从运行的系统“安装”，则时常可在 Jaz 磁片上“建立”一个可启动的系统。
/dev内的文档都已拷贝，并确定所有权限、
所有权和群组都获保留。/jaz/etc/fstab
以便适当加载 Jaz 磁片上的分割区。同时在 /jaz/etc/lilo.conf 作出相应修改。rdev 使其将 Jaz 磁片加载成 Root。用软盘启动，
然後运行 LILO 使 Jaz MBR 成为可启动磁片。